Precisa existir a possibilidade de alterar o "Tipo de registro" no Contas a Receber, mesmo após a conta ter sido gerada.

Quando o cliente muda a forma de pagamento de BOLETO para outros (antes da remessa ter sido feita), precisaria poder mudar o campo "Tipo de registro" para que não fique aquele boleto pendente de ser gerado.
Ou mesmo ao contrário, quando o cliente pede para pagar via boleto, depois da conta já gerada, não conseguimos mudar o tipo e gerar um boleto.

Precisa ficar registrado a data de vencimento original. Pois se o cliente não paga e vc precisa emitir o boleto para outra data, a data original fica perdida e vc não consegue saber efetivamente o tempo de atraso, desde o início.

O financeiro tem que conseguir alterar o ripo de registro. Se preciso que o recebimento seja alterado para o tipo Boleto, tenho que estornar e refazer manualmente, sendo que poderia apenas alterar o tipo de registro

Sugiro que quando for lançado no lançar contas aparecer na Nota Fiscal e no pedido uma imagem ou símbolo informando que já foi lançado.
Hoje o sistema permite a duplicação de boletos, pois se for gerado o lançar contas no NF não aparece a informação nos pedidos ocasionando a duplicidade de contas a receber.

Criar formas de inserir os percentuais das administradoras de cartões dentro do cadastro das forma de pagamento. Assim ao lançar o contas a receber o valor a ser liquidado será mais fiel, o valor referente a taxa que as administradores cobram poder ser exibido em um campo separado, pois não é juros, multas ou descontos no título a ser baixado. A forma de inserir esses dados no cadastro de tipos de pagamento poderia ser por percentual. Exemplo, o pagseguro cobra um valor fixo por transação + um percentual fixo pela modalidade + uma taxa de juros compostos.